De opeenvolgende ingrepen hadden er toe geleid dat het orgel steeds meer van zijn oorspronkelijke karakter had verloren. De speelaard, windvoorziening en de klank voldeden steeds minder. In 1995 was het restauratievoornemen bij het kerkbestuur inmiddels dermate actueel geworden dat restauratieplan op basis van het gedane onderzoek gereed kon worden gemaakt en een offerte kon worden uitgebracht. Als uitgangspunt voor de restauratie was de slagzin gekozen: ‘onderzoekt alle dingen en behoudt het goede’. De situatie van 1847 (de plaatsing in Rolde) bood daarvoor het beste aanknopingspunt, met behoud van een aantal waardevolle aanpassingen van later datum.

Na subsidietoekenning van het nieuwe plan werd een oud contract met Mense Ruiter Orgelmakers uit Zuidwolde omgevormd tot een nieuwe overeenkomst waarbij de eerste fase van de restauratie zou worden uitgevoerd. Het werk vond plaats in 2001-2002. De werkzaamheden in de 1^e fase in 2002 richtten zich met name op de windvoorziening omdat deze, mede als gevolg van de beweegbare ladebodems, steeds instabieler was geworden. De lade van het Hoofdwerk werd gerestaureerd en het oorspronkelijke uiterlijk met de hoge voorslag voorlangs het cancelraam werd hersteld. De conducten van de frontpijpen werden alvast deels vernieuwd. Er werd één nieuwe spaanbalg gemaakt naar voorbeeld van het Honhoforgel te Haaksbergen. Deze werd ondergebracht in een nieuwe balgstoel met omtimmering, geplaatst aan de zuidkant op de orgelgalerij. De balg werd  aangesloten op een nieuwe windmachine in een dito dempkist. Ook werden nieuwe eiken windkanalen naar Hoofdwerk en Bovenwerk aangelegd volgens maatvoeringsberekening van Honhof. De beweegbare ladebodems van Bovenwerk en Pedaal werden buiten werking gesteld. Al het pijpwerk werd zonder aanpassingen teruggeplaatst op de lade en zo goed mogelijk sprekend gemaakt. De Trompet werd iets intensiever hersteld en enigszins bijgeïntoneerd zodat deze voorlopig weer te gebruiken was. De ingebruikneming was in 2002. Het klankeffect na deze eerste fase was al dusdanig positief dat reikhalzend naar een vervolg werd uitgezien.